Nhìn chung chữ Nôm thường có nhiều nét hơn, phức tạp hơn chữ Hán (do phần lớn là những chữ buộc phải ghép 2 chữ Hán lại) nên khó học, khó nhớ hơn cả chữ Hán vốn cũng đã khó nhớ. Để đọc viết được chữ Nôm đòi hỏi phải có vốn hiểu biết chữ Hán nhất định. Hệ chữ Nôm cũng không có sự thống nhất: có thể có nhiều chữ dùng để ghi cùng một âm tiết, hoặc ngược lại, một chữ có thể có nhiều cách đọc khác nhau. Tình trạng này còn do "tam sao thất bản", phần vì trình độ người thợ khắc chữ ngày xưa, phần vì khâu in mộc bản có chất lượng không cao (chữ bị nhòe, mất nét). Do đó có người nói "chữ Nôm phải vừa đọc vừa đoán", "nôm na là cha mách qué".

Về mặt ngữ học thì do âm trong tiếng Việt nhiều hơn số âm trong tiếng Hán (tiếng Việt có 4500 đến 4800 âm; tiếng Hán Quan thoại có khoảng 1280 âm)[19] nên người viết phải dùng dấu nháy [»] hoặc chữ khẩu [口] đặt cạnh một chữ để biểu thị những chữ cận âm. Người đọc vì vậy phải giỏi mà đoán cho trúng âm, khiến chữ Nôm rất khó đọc.